Fen Bilimleri Enstitüsü, 2547 Sayılı Yükseköğretim Kanunu’nun 19. Maddesi uyarınca, 03.03.1983 tarih ve 17976 Sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan “ Lisansüstü Eğitim Öğretim Enstitülerinin Teşkilat ve İşleyiş Yönetmeliği’ne uygun olarak, Yükseköğretim Kurulu Başkanlığı’nın 08 Haziran 1983 gün ve 250/4804 sayılı yazıları ile kurulmuştur.
1984-1985 öğretim yılında Fizik, Kimya, Biyoloji, Matematik, Tarla Bitkileri, Tarım Ekonomisi, Tarım Makinaları, Tarımsal Yapılar ve Sulama, 1986-1987 öğretim yılında Mimarlık, Bitki Koruma, Bahçe Bitkileri, Toprak, Gıda Mühendisliği ve Zootekni, 1990-1991 öğretim yılında Makina Mühendisliği, 1991-1992 öğretim yılında Bilgisayar Mühendisliği 1996-1997 öğretim yılında Çorlu Makina Mühendisliği, 1999-2000 öğretim yılında İnşaat Mühendisliği, 2000-2001 öğretim yılında Peyzaj Mimarlığı, 2001-2002 öğretim yılında Çevre Mühendisliği ve 2003-2004 öğretim yılında Ortaöğretim Fen ve Matematik Alanlar Eğitimi Anabilim Dalı bünyesinde Matematik Öğretmenliği, Fizik Öğretmenliği, Kimya Öğretmenliği, Biyoloji Öğretmenliği; Bilgisayar ve Öğretim Teknolojileri Eğitimi Anabilim Dalı bünyesinde Bilgisayar ve Öğretim Teknolojileri Öğretmenliği tezsiz yüksek lisans programları, 2008-2009 öğretim yılı Bahar yarıyılında da İlköğretim Anabilim Dalı bünyesinde Fen Bilgisi Eğitimi Yüksek Lisans Programı faaliyete geçmiştir.
Namık Kemal Üniversitesi’nin kurulması üzerine YÖK Genel Kurulu’nun 02.02.2007 tarihli onayı ile Tarla Bitkileri, Tarım Ekonomisi, Tarım Makinaları, Tarımsal Yapılar ve Sulama, Bitki Koruma, Bahçe Bitkileri, Toprak, Gıda Mühendisliği, Zootekni, Çorlu Makina Mühendisliği, İnşaat Mühendisliği, Peyzaj Mimarlığı ve Çevre Mühendisliği anabilim dalları, NKÜ Fen Bilimleri Enstitüsü’ne aktarılmıştır.
Ortaöğretim Fen ve Matematik Alanlar Eğitimi Anabilim Dalı bünyesinde bulunan Matematik Öğretmenliği, Fizik Öğretmenliği, Kimya Öğretmenliği, Biyoloji Öğretmenliği; Bilgisayar ve Öğretim Teknolojileri Eğitimi Anabilim Dalı bünyesinde bulunan Bilgisayar ve Öğretim Teknolojileri Öğretmenliği tezsiz yüksek lisans programları YÖK tarafından “Sertifika” programına dönüştürüldüğünden, enstitümüz bünyesinde öğrenci alımı yapılmamaktadır.
Yukarıda belirtilen programlara ilaveten 2013-2014 Öğretim Yılı Güz Yarıyılı’nda Disiplinlerarası Biyoteknoloji ve Genetik, Bahar Yarıyılı’nda Disiplinlerarası Uygulamalı Bilimler ve Teknoloji ile Disiplinlerarası Hesaplamalı Bilimler ve 2014-2015 Öğretim Yılı Bahar Yarıyılı’nda Gıda Mühendisliği lisansüstü programları kurularak faaliyete geçmiştir.
Enstitüde halen mevcut 14 anabilim dalının 12’sinde Tezli Yüksek Lisans, 3’ünde Tezsiz Yüksek Lisans ve 10’unda Doktora programları uygulanmaktadır.