Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Trakya Üniversitesi Bünyesinde 2547 Sayılı Yükseköğretim Kanununun 19. maddesi gereğince kurulan üç enstitüden biridir.
Enstitü ilk olarak 1987–1988 Eğitim-Öğretim yılı bahar yarıyılında yüksek lisans, 1990-1991 Eğitim Öğretim yılı güz yarıyılında da doktora öğrencisi almaya başlamıştır.
Sağlık Bilimleri Enstitüsünde, 03 Mart 1983 tarih ve 17976 Sayılı Resmi Gazete’de yayımlanarak yürürlüğe giren “Lisansüstü Eğitim Öğretim Enstitülerinin Teşkilat ve İşleyiş Yönetmeliğinin 5/c maddesi gereğince Tıp Fakültesinin ilgili Anabilim Dallarında ve aynı yönetmeliğin 28.10.1994 tarih ve 22095 Sayılı Resmi Gazete’de değiştirilerek yürürlüğe giren 6/2 maddesi gereğince Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu ile Sağlık Yüksekokulu’nda yüksek lisans ve/veya doktora eğitimi ve bu programlara ön hazırlık amacıyla bilimsel hazırlık eğitimi verilmektedir.